Você pode dd-lo para um arquivo. Desmonte todas as partições nessa unidade ou inicialize usando o live cd ( SystemRescueCd por exemplo) e faça algo como:
dd if=/dev/hda | gzip -c > /some_folder/hda.img.gz
Basta colocar o nome correto em vez de hda (pode ser sda). Após a compressão, será muito menor.