Você pode impedir que o Spotlight indexe determinadas pastas acessando a guia "Privacidade" no painel de preferências "Spotlight" no aplicativo Preferências do sistema. Você pode usar isso para adicionar unidades USB específicas à lista de coisas que não devem ser indexadas. Isso deve se livrar dos arquivos .Slightlight-V100. Esta não é uma solução genérica para "todas as unidades", mas deve ser feita especificamente para cada unidade.
Quanto a não criar arquivos .Trashes. Eu não acho que isso seja possível. É assim que o OS X lida com itens excluídos.