Você pode configurar seu próprio servidor SMTP para enviar mensagens de e-mail usando o Google Apps em paralelo. No entanto, essas mensagens não estarão em seu e-mail "Enviados", a menos que você tenha se movido usando IMAP e as respostas a essas mensagens sejam enviadas para os servidores de e-mail nos seus registros MX (Google por padrão).
Você pode configurá-lo para enviar usando um subdomínio diferente, mas isso não é um requisito. Você pode usar o mesmo domínio. Basta chamar o servidor SMTP auto hospedado algo diferente como smtp2.yourdomain.com.
Se você estiver usando registros SPF [1] para o seu domínio, adicione o IP do servidor SMTP à lista de endereços IP permitidos.
[1] link