Você confirmou se a opção "Visitas de registro" na guia "Diretório inicial" está ativada?
Compare as permissões NTFS da pasta que funciona para as pastas que não funcionam. Talvez haja uma permissão perdida. Mas você deve ver algumas evidências no log de eventos do Windows Server para esse problema.
Há um artigo do Microsoft TechNet que pode ajudar: Solucionando problemas de log (IIS 6.0) .