Você ficará absolutamente bem fazendo isso. O DPM usa o mecanismo VSS para executar backups, que não interage com os mecanismos de backup nativos baseados em LSN. A única coisa a ser cautelosa é que, se você alternar para o modelo de recuperação FULL, o primeiro backup de banco de dados completo baseado em VSS fará o mesmo que o primeiro backup de banco de dados nativo completo - e alternará adequadamente o banco de dados para o modelo de recuperação FULL, backups de log são necessários para gerenciar o tamanho do log de transações.
Com os backups do DPM, se você estiver no modelo de recuperação FULL, deverá também fazer backups de log, caso contrário, o log de transações aumentará para sempre. A alternativa é usar o modelo de recuperação SIMPLE, no qual os backups de log não são necessários e o log de transações truncará no ponto de verificação.
Então, você está absolutamente seguro com o plano que descreve.