O disco rígido de um backup é a restauração bare-metal. Os arquivos de usuários são, afinal de contas, apenas arquivos de usuários e podem ser facilmente armazenados em backup e restaurados de várias maneiras.
Se sua partição C: for pequena o suficiente, recomendo usar um dos muitos aplicativos de instantâneo de partição. Meu favorito é o Drive Snapshot (www.drivesnapshot.de), que eu usei por vários anos, mas existem vários produtos similares por aí. O Drive Snapshot obtém uma cópia de nível de setor de uma partição e (esse é o bit impressionante) pode copiar a partição do sistema enquanto o servidor está em execução. Se você perder o servidor, basta inicializar um CD do WinPE (ou BartPE) e usar o Instantâneo da Unidade para copiar o instantâneo de volta para o disco. O instantâneo pode até criar as partições para você a partir das informações armazenadas no instantâneo. Eu fiz isso com raiva e sob estresse considerável, e o Drive Snapshot nunca me decepcionou.
Eu costumo usar fita para backups onde eu posso, pois você pode tirar as fitas do site, mas eu tenho alguns servidores que fazem backup para um dispositivo NAS. Seja qual for o caso, eu tenho o script de backup executado Snapshot, em seguida, gravar o arquivo de instantâneo para fita e / ou copiá-lo para uma caixa NAS. Se o instantâneo não for muito grande, mantenho a última semana ou mais cópias do arquivo de instantâneo diário.
Alguns outros pontos bastante óbvios que você provavelmente já considerou. É possível atualizar os discos nos dois servidores para fornecer espaço suficiente para os servidores se sincronizarem entre si? Então, você pode perder um servidor e o restante ocupar a folga. Observe também que, em geral, você não pode restaurar uma partição do sistema de um servidor para outro com hardware diferente e esperar que funcione muito bem. Se os controladores de disco forem idênticos, provavelmente inicializará, mas você perderá a configuração de rede.
Um último ponto (possivelmente mais para o futuro) para servidores de aplicativos, como servidores Exchange, tendem a usar a virtualização nos dias de hoje. O VMWare funciona muito bem no Server 2003 ou, é claro, o Hyper-V está embutido no Server 2008. Os servidores virtuais são muito fáceis de fazer backup, porque você simplesmente copia os arquivos do servidor host.