Você deu uma olhada no rdiff-backup?
O rdiff-backup faz o backup de um diretório para outro, possivelmente através de uma rede. O diretório de destino termina com uma cópia do diretório de origem, mas os diffs reversos extras (ou seja, backup diferencial) são armazenados em um subdiretório especial desse diretório de destino, portanto, você ainda pode recuperar arquivos perdidos há algum tempo.
A ideia é combinar os melhores recursos de um espelho e um backup incremental.
Ordiff-backup também preserva subdiretórios, hard links, arquivos dev, permissões, propriedade de uid / gid, tempos de modificação, atributos estendidos, acls e forks de recursos.
Além disso, o rdiff-backup pode operar de maneira eficiente em largura de banda em um pipe, como o rsync. Assim, você pode usar o rdiff-backup e o ssh para restaurar um disco rígido com segurança até um local remoto, e somente as diferenças serão transmitidas. Finalmente, o rdiff-backup é fácil de usar e as configurações têm padrões sensíveis.