Parece desnecessariamente perigoso tentar fazer isso em uma máquina existente.
Construa um novo servidor.
Configure como desejado.
Faça o dump e carregue os dados, configurando o novo sistema como uma réplica nativa ao vivo do MySQL do sistema existente.
Verifique se está ativo e replicado e se todos os seus dados estão intactos.
Desligue o servidor original, desconecte a replicação para promover a nova máquina para o principal e mude o aplicativo para usar o novo servidor.
Como DBA MySQL de longa data, nunca, jamais, permita que gerenciadores de pacotes toquem em minhas instalações de banco de dados. Isto é reconhecidamente uma questão de opinião, mas como um DBA, não são os servidores pelos quais sou responsável - são as informações que eles armazenam ... o banco de dados real . A integridade desses dados é muito mais importante do que qualquer benefício ou conveniência imaginada do gerenciamento de pacotes. Eu decido quando atualizações e upgrades ocorrem, e estou totalmente no controle do processo, isolado das suposições que os desenvolvedores de gerenciamento de pacotes parecem fazer, alguns dos quais podem ser bastante ridículos. O Oracle também fornece tarballs binários que são muito mais diretos e não propensos a surpresas de gerenciamento de pacotes.