A propriedade e as permissões provavelmente estão erradas. Como você não estava rastreando estes, terá que corrigi-los manualmente, para cada arquivo.
Por si só, o git não rastreia a propriedade e as permissões dos arquivos. Não é para isso que serve. Esses metadados não foram rastreados e, portanto, foram perdidos.
Isto é o que sistemas como etckeeper são para. Eles envolvem o git para manter /etc
no controle de versão, enquanto também mantêm os metadados que o git não mantém, e restaurando-o se necessário. Para evitar que isso aconteça no futuro, considere o uso do etckeeper ou de uma ferramenta semelhante.
Você também pode querer instituir algum tipo de backup. Você atualmente não parece ter nenhum tipo de backup, e esta é uma receita para o desastre. Você teve sorte de escapar com a menor perda de dados que você tem. Você pode não ter muita sorte da próxima vez.