A diretiva root constrói o nome do caminho por concatenação, portanto, a configuração em sua pergunta espera que o arquivo esteja localizado em /var/www/comodo/.well-known/pki-validation/HASHHASH.txt .
Você pode usar a diretiva alias :
location = /.well-known/pki-validation/HASHHASH.txt {
alias /var/www/comodo/HASHHASH.txt;
}
Veja este documento para detalhes.