Confira este link: Configurando o Network Time Protocol (NTP) Eu esperaria ver relógios muito precisos no EC2, já que as interfaces de rede da instância são muito estáveis para latência. Dito isso, estamos falando de relógios de sistema sincronizados com o NTP, que são notoriamente imprecisos. Eu não acho que você deve confiar com segurança no NTP e nos relógios do sistema para qualquer tempo sensível.
Você respondeu que está preocupado com a "sincronização de arquivos, em que as colisões são caras de corrigir". Talvez você devesse procurar uma solução síncrona como o NFS / EFS.