Sim, parar um AppPool (em vez de matar seu processo) também encerra o ApplicationPool, dando tempo para que as solicitações existentes sejam concluídas.
Portanto, o comportamento é o mesmo que para reciclar o pool.
Entendo que solicitar a reciclagem de um AppPool no IIS dará às solicitações atualmente ativas 90 segundos para serem concluídas antes que elas sejam finalizadas de forma anormal pela solicitação de reciclagem, sem mais aceitar novas solicitações. Que tal pedir uma AppPool para parar? Tem também a mesma política de spin-down?
Se for importante, eu estou parando o AppPool via:
appcmd.exe stop apppool /apppool.name:"theAppPoolName"