A configuração do contêiner está em /var/lib/docker/containers/<id>/hostconfig.json - você pode editá-lo e reiniciar o contêiner, mas a janela de encaixe não deve estar em execução quando você o editar.
# docker run -ti --name test fedora:25 /bin/bash
# echo 512 > /proc/sys/net/core/somaxconn # in docker
bash: /proc/sys/net/core/somaxconn: Read-only file system
# exit # exit docker, back to host
# systemctl stop docker # or stop it with whatever servicemanager you're using
# cd /var/lib/docker/containers/b48fcbce0ab29749160e5677e3e9fe07cc704b47e84f7978fa74584f6d9d3c40/
# cp hostconfig.json{,.bak}
# cat hostconfig.json.bak | jq '.Privileged=true' | jq '.SecurityOpt=["label=disable"]' > hostconfig.json
# systemctl start docker
# docker start test
test
# docker exec -ti test /bin/bash
# echo 512 > /proc/sys/net/core/somaxconn # in docker, now works
Isso desativará todos os containers enquanto você estiver fazendo as alterações.