De acordo com a documentação oficial , o Exchange Server 2016 é suportado no Windows Server 2016, mas somente ao usar CU3 ou posterior .
Provavelmente você está tentando instalar uma versão anterior do Exchange, que não suporta WS2016; você pode verificar e baixar a versão mais recente aqui .
As UCs do Exchange são instaladores completos, portanto, você não precisa instalar a versão RTM e, em seguida, aplicar uma atualização; você pode (e deve) executar sua instalação do Exchange usando a mais recente CU disponível (atualmente CU3, que também adiciona suporte para o Windows Server 2016).