Esse é o comportamento esperado. As configurações da Lista de atribuições do site Internet Explorer para zona são mescladas quando há configurações de várias diretivas. Você pode usar gpresult / h para exibir o conjunto resultante de diretivas e políticas vencedoras.
Se todas as atribuições de site a zona estivessem em um único valor de registro, a diretiva de domínio substituiria a diretiva local. Se o mesmo site fosse especificado na política de domínio e de grupo local, a política de domínio substituiria a política local. Por exemplo, se microsoft.com foram definidos na zona da Internet na diretiva de domínio e na zona de sites confiáveis na diretiva local, a configuração de diretiva de domínio seria substituída e microsoft.com estaria na zona da Internet. Mas cada site é um valor de registro separado e as configurações dos sites individuais são mescladas.
A única maneira de impedir as configurações de política local seria ativar a configuração de política de grupo:
Computador > Políticas > Modelos Administrativos > Sistema > Diretiva de grupo: desative o processamento de objetos de diretiva de grupo local.