Você só pode fazer backup / restaurar VMs no mesmo datacenter. A melhor maneira é criar uma imagem da sua VM e copiar o vhd gerado para um novo armazenamento no datacenter secundário. Eu gosto da seguinte abordagem se você estiver usando o ARM:
Como capturar uma máquina virtual do Windows na implantação do Resource Manager modelo
A coisa boa sobre o explorador de recursos é que ele gera o arquivo .json necessário para recriar o mesmo ambiente. Você pode usá-lo para reimplantar a VM em uma nova região basicamente alterando algumas variáveis, como vhd, caminho de armazenamento e local.
Para VMs clássicas: