Esta resposta do Stack Overflow por @John Rotenstein fornece um script Python para alterar o tipo de instância.
No entanto, como você paga apenas pelas instâncias do EC2 quando elas estão em execução, além do custo de armazenamento durante o desligamento, eu criaria uma nova instância do tipo correto para o seu outro trabalho. Você pode então iniciar e parar essa instância conforme necessário. Não há risco, então, para o seu site ou o MongoDB.
Redimensionando uma instância do EC2 usando o boto3
import boto3
client = boto3.client('ec2')
# Insert your Instance ID here
my_instance = 'i-xxxxxxxx'
# Stop the instance
client.stop_instances(InstanceIds=[my_instance])
waiter=client.get_waiter('instance_stopped')
waiter.wait(InstanceIds=[my_instance])
# Change the instance type
client.modify_instance_attribute(InstanceId=my_instance, Attribute='instanceType', Value='m3.xlarge')
# Start the instance
client.start_instances(InstanceIds=[my_instance])