Cada indicador / applet (deve) ter uma configuração do usuário permitindo que o usuário especifique a execução automática na inicialização. Instalar o indicador não o executa como você descobriu e um indicador bem comportado não será executado automaticamente a menos que seja configurado para fazer isso pelo usuário.
No entanto, no traço de unidade, procure por "start" e você encontrará Startup Applications, que permitirá que você especifique programas específicos, incluindo indicadores, para serem executados na inicialização e que "adicionará o applet ao painel superior" .