Você pode usar apenas uma variável temporária? Por exemplo (não tentei):
if ($request_uri ~* /a/(.*)/(.*)){
set $tmp /$1/$2;
rewrite ^ $tmp break;
}
ou sobre:
if ($request_uri ~* /a/(.*)/(.*)){
rewrite ^ $request_uri;
rewrite ^/[^/]*/(.*)/(.*) /$1/$2 break;
}