[Isso foi muito longo para um comentário, então o postou como resposta. Espero que ajude]
Parece que você não configurou os Hosts Virtuais. Em vez disso, basta um DocumentRoot principal e você chama sites com o link link .
Digamos que seus dois hosts virtuais:
Um em / var / www / html / wordpress e o outro / var / www / html / phpmyadmin.
Se você precisa desabilitar para o phpmyadmin, então sob a configuração do host virtual do phpmyadmin, adicione a linha que você declarou na segunda metade:
<VirtualHost *:80>
..
..
..
<Directory "/var/www/html/phpmyadmin">
<IfModule security2_module>
SecRuleEngine Off
</IfModule>
</Directory>
..
..
</VirtualHost>
E para desativá-lo para o admin do wordpress, adicione o mesmo sob a configuração do host virtual do site wordpress: ie.
<virtualhost *:80>
..
..
..
<Directory "/var/www/html/wordpress/wp-admin">
<IfModule security2_module>
SecRuleEngine Off
</IfModule>
</Directory>
..
..
</VirtualHost>
Fonte: link
Se não houver configuração do VirtualHost, você pode tentar adicionar a diretiva: <Directory>..</Directory>
para o phpmyadmin e o wp-admin no arquivo de configuração mod_security: '/etc/apache2/mods-available/security2.conf'
Teste a sintaxe com apachectl -t
antes de recarregá-la.