Como você instalou o Ubuntu enquanto está na sua área de trabalho como instalação do Wubi, acredito que não haverá nenhum grub instalado no disco rígido de desktop. O Wubi modifica o vista bootloader para fornecer uma opção de inicialização do Ubuntu. Isso é feito modificando o boot.ini na partição do Vista.
Se, por exemplo, o Vista estiver instalado na unidade C, você encontrará C: \ boot.ini, que é um arquivo de texto que especifica as opções de inicialização. Você pode abrir esse arquivo no sistema host para ver como isso é feito no sistema de desktop.
Cuidado As instalações do Wubi não são portáteis nas instalações do Windows (mesmo entre duas máquinas com a mesma versão do Windows - Pls nem tenta copiar o boot.ini em nenhum outro lugar). Isso é devido ao seguinte
- O Wubi instala todos os dados persistentes do + do Ubuntu no que parece ser um arquivo para o Windows (consulte o segundo item neste seção do wubi faq
- Não é esperado que a localização do ponto de montagem da unidade seja consistente em todos os sistemas e, portanto, a localização deste arquivo acima, conforme o gerenciador de inicialização vê, pode variar de um computador para outro.
Instalar o Ubuntu em um disco rígido externo é uma excelente opção para poder ter seu OS favorito em movimento e, devido às razões acima, fazê-lo em um tipo de "modo Wubi" que derrota esse propósito.
Minha sugestão seria, se possível, ter o Ubuntu no disco rígido externo como uma instalação normal. Se você pudesse ganhar algum espaço para uma nova partição no disco usando gparted no livecd / liveusb, então você pode seguir o este tutorial para migrar seu Wubi existente é instalado na nova partição.
Este link tem informações abrangentes sobre o wubi que podem ser úteis.