Não sei por que você quer fazer isso. O dpkg e o apt são partes fundamentais de um sistema Debian, e seu chroot não funcionará independentemente sem eles. Correndo
chroot /path/to/chroot apt-get update
e assim por diante é um método suportado que não requer a remoção do dpkg e do apt.
Mas se tiver certeza de que deseja fazer isso, você pode executar
APT_CONFIG=/path/to/apt.conf apt-get update
onde /path/to/apt.conf é o caminho de um arquivo apt.conf que inclui
RootDir /path/to/chroot;
O restante da configuração apt será então lida de /path/to/chroot/etc/apt/apt.conf.d, ou em algum outro lugar em / path / to / chroot se você alterar Dir::Etc
no apt arquivo .conf. Consulte as seções Descrição e Diretórios de man apt.conf
para obter detalhes.