O Google Chrome está já disponível como MSI , portanto, não é necessário reempacotamento.
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As ferramentas de reempacotamento geralmente não funcionam bem para mim. Essas ferramentas procuram fazer algo que, para aplicações muito simples, é provavelmente viável, mas, para uma aplicação de qualquer complexidade suficiente, é provável que não. Geralmente eu acho que os pacotes criados por essas ferramentas acabam tendo "ruído" neles, o que acaba precisando ser limpo manualmente.
Eu tento evitar o reempacotamento de aplicativos sempre que possível. A menos que você embarque em um enorme esforço de engenharia reversa, você realmente não pode ter 100% de certeza de que o pacote que você cria faz exatamente o que a configuração do fabricante faz. Se a instalação do aplicativo tiver opções de instalação e remoção autônomas, prefiro uma instalação baseada em script usando essas opções em um reempacotamento.
Pessoalmente, quando preciso empacotar aplicativos como MSIs, eu uso o WiX Toolset para criar um pacote a partir do zero. Você está garantido para obter um pacote que faz exatamente o que você quer e não tem efeitos colaterais não intencionais. É muito trabalho, para ter certeza, mas acho que os resultados valem o trabalho.