Não há uma maneira integrada de fazer isso até onde eu sei. Mas você poderia hipoteticamente escrever um pequeno aplicativo ou script stub que verifica se o processo já está sendo executado no contexto desse usuário e sai se estiver. Caso contrário, ele inicia o aplicativo normalmente. Você apontaria seu atalho RemoteApp para este stub em vez de diretamente para o aplicativo.