Eu usei rpm2cpio para converter o único arquivo .rpm adequado Eu encontrei um arquivo cpio no padrão.
$ rpm2cpio php-mcrypt-5.4.16-1.el6.x86_64.rpm | cpio -idmv
Eu então copiei mcrypt.so um mcrypt.ini para as pastas apropriadas para a instalação do PHP 5.4.
Voilá, o mcrypt funciona agora!