Resposta curta: Sim, exclua-a. Exclua também todo o diretório setup .
Long Answer: No passado, havia numerosas vulnerabilidades de injeção de código relacionadas ao setup.php do phpmyadmin. Como o arquivo é usado apenas para fins de configuração inicial e não deve ser usado após a instalação, não há nada a perder e, potencialmente, muito a ganhar, excluindo-o.
Além disso, as instruções de instalação do phpmyadmin recomendam a exclusão de todo o diretório setup após a instalação. Uma das sugestões encontradas em link é a seguinte:
Remove the setup directory from phpMyAdmin, you will probably not use it after the initial setup.
Então, sim, apague setup.php e delete todo o diretório setup .