Isso me faz pensar em um bug reportado causado pela variável de ambiente COLUMN .
Aqui, você tem COLUMNS=96 .
Isso significa que qualquer linha de comando do processo que exceda COLUMN será perdida.
Como você disse que o nome do seu processo é longo, você pode estar enfrentando esse problema.
Você pode tentar aumentar sua variável COLUMN em sua definição de comando em nrpe.cfg :
command[check_myprogram_proc]=COLUMN=256 /usr/lib/nagios/plugins/check_procs ...
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