Parece que o problema foi causado pelo antivírus.
Há uma configuração no serviço MSExchangeIS que habilita a verificação de vírus em segundo plano.
Com isso ativado, o antivírus estava varrendo novamente todo o banco de dados de correio de 120 gb, 3 vezes por dia.
Toda vez que as definições de vírus forem atualizadas, isso acionará uma nova varredura.
Ao fazer isso, ele estava bloqueando as caixas de correio enquanto elas eram digitalizadas.
Se alguém tiver um problema como este, verifique a seguinte chave de registro: HKLM \ system \ currentcontrolset \ services \ MSExchangeIS \ VirusScan \ BackgroundScanning
definir isso para 0