Eu não tentei isso no CentOS 6 AMI, mas isso funciona para o CentOS 7:
NEWHOSTNAME="myserver01.example.com"
CLOUDTMP='mktemp $TMPDIR/$(basename $0).XXXXXX 2>/dev/null' || exit 1
cat <<EOF > $CLOUDTMP
#!/bin/bash
hostnamectl set-hostname $NEWHOSTNAME
echo "preserve_hostname: true" > /etc/cloud/cloud.cfg.d/99_hostname.cfg
EOF
aws ec2 run-instances --user-data file://$CLOUDTMP --cli-input-json file://path/to/file.json