Isso depende de como você fornece a configuração do repositório por meio do fantoche. Você coloca um arquivo em /etc/yum/repos.d ou em um provedor personalizado?
Você pode tomar medidas para garantir que a pasta /etc/yum.repos.d/ seja removida (ou seja, mantida livre de arquivos não fornecidos pelo fantoche), verifique o recurso de arquivo na referência do tipo de boneco para obter detalhes. O problema com essa abordagem é que alguns aplicativos de terceiros fornecem seus próprios repositórios e os empacotam no rpm: s, que é instalado durante o tempo de execução dos fantoches. Isso pode ser difícil de levar em conta ao escrever as puppetclasses.
Dependendo de como você planeja implementar sua configuração do repositório do yum, sugiro que você altere o "reposdir" no /etc/yum.conf para algo como "/etc/yum.repos.managed.d/", e coloque o seu repos configurado fantoche nesse diretório. Dessa forma, o yum não lerá nada do diretório padrão de configuração do repositório, e somente daqueles fornecidos pela implementação do seu boneco.