Usar o backup do Windows (ou qualquer solução de backup que use instantâneo de disco, na verdade) é bom para fazer backup de um repositório SVN.
Esteja ciente, no entanto, que não importa o que você usa para backups, se você precisar restaurar o repositório, é possível que todo o seu cliente SVN tenha que corrigir sua cópia de trabalho local se tiver atualizado para uma versão mais recente do repositório do que aquele que está disponível nos backups. Isso pode resultar em perda de trabalho (ou pelo menos a necessidade de mesclar manualmente o novo código no repositório "antigo").