Houve uma mensagem semelhante na lista de discussão do Cygwin em 31 de julho de 2012. A solução citada há:
I've just applied a patch to fix this problem. It seems this is a long standing bug which could result in random stack corruption after changing or adding any file to /etc. I'm just generating a developer snapshot. Please test the today's snapshot from http://cygwin.com/snapshots/ Just replacing /bin/cygwin1.dll with the snapshot DLL is sufficient.
Então, que tal experimentar este conselho?
E vendo que você é bastante ativo no SO, você pode estar interessado no que parece ser a correcção real do seu problema .