Resposta curta: não seria.
Resposta longa: uma de três coisas aconteceu:
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Seu auditor examinou a máquina errada, como o @ HopelessN00b disse.
(Este é o cenário mais provável - Você diz que o site PCI é um subdomínio e o site acima está em um site Apache / PHP, então é totalmente possível que eles tenham varrido o site e encontrado as vulnerabilidades listadas) -
A sua máquina ficou comprometida rapidamente.
(Sim, isso também acontece - embora se você verificou a máquina e achou os resultados da auditoria inválidos, acho que podemos descartá-la). -
Seu auditor de segurança é um idiota
(Não contrate esse cara!)
Como o número 1 é o mais provável com base no que você nos disse, descubra qual máquina (hostname e endereço IP) o auditor examinou, confirme se é a máquina correta e, se não estiver faça a verificação refeita.
Verifique também essas vulnerabilidades contra o servidor principal (e se elas forem de fato válidas, faça as partes responsáveis corrigi-las). Esses são problemas relativamente sérios, e mesmo que haja (e de fato pelos padrões PCI deve ) haver separação entre o equipamento de dados do portador do cartão e seus outros sites, você continuará a aumentar bandeiras vermelhas na sua auditoria, se você não as resolver.
(Se o seu site principal estiver em um provedor de hospedagem compartilhada que esteja executando todas essas ações, convém movê-lo para uma caixa dedicada ou VPS para sua própria paz de espírito.)