Caso alguém esteja interessado em desagrupar as janelas Prism (isto é APENAS para o Prism), o desenvolvedor do DockbarX respondeu a outra pergunta
Existe alguma maneira de desativar o agrupamento de janelas com o dockbarx? Eu uso o aplicativo Prism para criar janelas autônomas para o gmail, meu webmail corporativo e alguns outros sites. Como todos eles usam o Prism, em vez de exibir atalhos separados com os ícones personalizados que atribuí a cada um ao criá-los, todos eles são exibidos juntos sob um único botão Prism, usando o ícone Prism.
Infelizmente, não consegui encontrar uma opção para desabilitar esse comportamento, e sugiro que você relate um bug para os desenvolvedores do dockbarx (se você não quiser me informar e eu o farei). A única opção que consegui encontrar foi mostrar uma lista de janelas, mas como você está usando lançadores, você não conseguirá fazer isso com o Dockbarx.
Você poderia, no entanto, usar uma gaveta no painel do gnome para obter um efeito similar (mais um clique extra, infelizmente).