Você pode usar o programa "ulimit" para limitar a criação de arquivos principais, também existem maneiras de desativar completamente os núcleos em um sistema (acredito que este seja o padrão em muitas distribuições?)
Tendo dito isso, eu teria pensado que você está resolvendo um sintoma aqui, você precisa estar olhando para resolver o problema do squid bater frequentemente - a menos que por algum motivo ter um acidente de squid é parte do plano? O Squid é bastante estável, o que você está fazendo com isso? Qual versão do squid você está rodando - tente mover para o último da série 2.7 se você estiver no 2.x, ou mesmo para baixo se você estiver no 3.x mas não usando os recursos 3.x.