Permissões típicas para os diretórios da árvore Maildir é 700. Se você estiver compartilhando pastas, você deve permitir o acesso ao Maildir e 770 às pastas compartilhadas. O compartilhamento deve ser um membro do grupo que possui o Mailder e subpastas. Arquivos dentro do diretório não devem ter acesso de execução. 600 é comum; com 640 ou 660 definido para pastas compartilhadas.
Se o próprio Maildir tiver 700 para suas permissões, os subdiretórios não serão tão críticos quanto os outros usuários não conseguirão navegar para o tema.