Ambos os SOs podem facilmente saturar o barramento PCIe em CPUs modernas, sem diferença significativa na taxa de transferência.
Eu diria que a implementação NAT do Linux pode lidar com centenas de milhares de conexões simultâneas, o FreeBSD certamente pode e eu não ouvi falar de qualquer superioridade significativa sobre o outro recentemente.
A decisão deve ser definida como a que você estiver mais familiarizado. Se não, o pfSense tem uma GUI de gerenciamento da web pronta para uso, mas um sistema semelhante pode ser instalado no sistema quase e * nix.