Eu tive uma situação semelhante. Minha situação foi resolvida nesta postagem do ServerFault:
Eu tenho alguns abusadores no FTP que sugam todos os meus 100MBs no servidor. Como eu poderia impedir isso de Cpanel ou iptables ou algo mais?
Eu tive uma situação semelhante. Minha situação foi resolvida nesta postagem do ServerFault:
Embora eu recomende strongmente que você não use o ftp, mas o sftp, você pode: