A maneira mais fácil de corrigir isso é alterar as configurações do usuário. Uma ou duas batidas sólidas na mão esquerda do usuário com um martelo (ou objeto semelhante) é uma maneira eficaz de fazer com que usem o mouse como um destro.
Se isso não funcionar para você por algum motivo, a segunda maneira mais fácil que eu encontrei é dar ao usuário acesso a um painel de controle limitado no servidor, onde eles podem reverter suas próprias configurações do mouse. (Pelo menos a partir do Windows 2003, essa era uma configuração por usuário, por isso não impactaria todos que usam o servidor.)
Você pode fazer isso por meio do GPO e pode ser encontrado em User Configuration -> Administrative templates -> Control Panel -> "Show only specified Control Panel applets" -> mouse.cpl
Você também pode resolver o problema com os perfis de roaming de maneira bastante trivial, mas imagino que não os use ou já os tenha corrigido. Os perfis de roaming ainda são mais difíceis do que valem de qualquer maneira. : (