Sistema de arquivos de versão
O NILFS faz instantâneos automáticos e contínuos, para que ele possa acompanhar os arquivos modificados e excluídos. A versão 2 (também conhecida como NILFS2) também tem um mecanismo de coleta de lixo puro para evitar que o sistema de arquivos fique cheio com muitos instantâneos! Eu definitivamente olharia para essa solução!
Uma pesquisa na Wikipedia também retornou ext3cow que copia na gravação em nível de bloco e pode manter rastros de arquivo versões.
Ambas as soluções já existem há algum tempo, mas não posso falar pela sua maturidade em um ambiente corporativo, pois não tenho experiência com elas.
Outra abordagem
Pode-se simplesmente usar um sistema de backup incremental, uma espécie de rsync que mantém o compartilhamento NFS em lugares diferentes, mas que também pode restaurar arquivos apagados.
Essa solução não é à prova de balas e requer armazenamento extra, por isso pode não atender aos seus requisitos ou orçamento. Além disso, essa solução seria executada periodicamente, portanto, cada arquivo criado e excluído entre a sessão de backup seria definitivamente perdido.
Se essas limitações ainda atenderem à fatura, consulte o rdiff-backup . É uma ferramenta de linha de comando e fará o trabalho de forma adequada e fácil.
Talvez, ter ambas as abordagens seja mais seguro.