O comando dnscmd pode ser usado para editar Registros DNS do domínio.
Algo como o seguinte, a opção /f "forçará", o que não é rápido para confirmação:
dnscmd <DNSServerName> /recorddelete <ZoneName> <NodeName> <RRType> <RRData> /f
O comando precisará ser executado como uma conta de usuário que tenha permissão para editar registros DNS em seu domínio.