Você pode fazer isso com tarefas CRON (ou agendar tarefas do Windows).
A consulta para exportar para o csv se parece com:
SELECT id, name INTO OUTFILE '/tmp/report.csv'
FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
ESCAPED BY ‘\’
LINES TERMINATED BY '\n'
Você pode agendar a consulta para ser executada com o CRON e os comandos ftp também.