O backup do Windows Server no Windows Server 2008 e no Windows Server 2008 R2 dedicará a unidade de destino de backup ao backup e não disponibilizará a unidade de backup para qualquer outra finalidade, mas não vejo isso como um coisa ruim. Além disso, se eu precisasse restaurar o AD, preferiria ter um backup completo do servidor em vez de bits e peças.
Minha recomendação seria comprar 1 ou 2 unidades grandes o suficiente para um backup completo do servidor e usá-las alternativamente para backups de todo o servidor.