Na verdade, os troncos só carregam quadros marcados, a finalidade de um tronco é poder transferir dados de diferentes VLANs. Quando o seu quadro atinge o outro lado, o switch irá olhar para a tag e encaminhá-lo para a VLAN correta.
Uma VLAN nativa é de fato uma VLAN que carrega quadros não marcados. No entanto, se você entende por tráfego de controle a VLAN de gerenciamento, é por padrão na VLAN1, assim como a VLAN nativa, no entanto, é possível configurar uma VLAN separada para o tráfego de gerenciamento (que é a melhor prática). Mas, na verdade, também não foi marcado.
Além disso, se uma porta for uma tag de VLAN que não saiba, ela será automaticamente colocada na VLAN nativa.