Você pode usar o cntlm para gerenciar as configurações de proxy do ISA.
Para contornar a captura 22 de instalá-lo, sem que o Ubuntu Software Center possa se conectar à Internet, abra o synaptic, escolha instalar o cntlm e vá para Arquivo-> Gerar script de download de pacote. Abra o script em um editor de texto e faça o download e instale o pacote manualmente.
Existe um guia muito completo para configurar o cntlm aqui .