Eu estou supondo que o seu comando no scriptblock está correto. O comando Invoke-complete ou você tem que matar o comando? Tente o comando e tenha os resultados retornados para uma variável como esta:
$var = Invoke-Command -ComputerName <Computer> -ScriptBlock {& "N:\Temp\fortify_installer\HP-Fortify-3.20-Analyzers_and_Apps-Windows-x86.exe /s /f1N:\Temp\fortify_installer\response.iss"}
Tudo parece bem diferente do que eu adicionaria o -scriptblock parm para maior clareza. Tente colocar o que você tem no scriptblock em um arquivo .PS1 e, em seguida, use o parm -filepath com o local do script ps1 que você acabou de criar.
Isso pode muito bem ser um problema de sessão interativa, mas os resultados de seu comando invoke devem dar isso a você. Caso contrário, você pode precisar examinar os logs de eventos na máquina remota e ver se algo está lá.