é possível que o MYFILEGROUP tenha um objeto de parição? Se este for o caso, as exibições de compatibilidade que você usar não retornarão nenhum resultado (sql server 2000 não tem objetos de partição!). A mensagem que você está recebendo sobre pular o objeto para verificar é o comportamento esperado para 2008, quando o checkdb verifica uma tabela / índice paritioned, veja este postagem no blog . Você consegue alguma coisa com essa consulta?
select * from sys.partitions p
inner join sys.allocation_units a on a.container_id = p.hobt_id
inner join sys.filegroups f on f.data_space_id = a.data_space_id
where f.name='myfilegroup'