No terreno do IIS, "Websites" não podem existir em outros sites. Então, parece que, do ponto de vista do IIS, você tem apenas um site configurado.
IMO, isso é uma má ideia - você deve usar um website por, bem, website, se é isso que você pretende.
Se você está se referindo a aplicativos da Web ou diretórios virtuais, APPCMD LIST APP ou APPCMD LIST VDIR podem ser mais do que você está interessado.