Como RolandoMySQLDBA mencionou, a primeira coisa a ter em mente é a diferença entre SHOW GLOBAL STATUS e SHOW STATUS (ver a documentação ). Em relação aos valores exibidos por phpMyadmin , eles são obtidos do Com_* variáveis confirmadas pelo código fonte:
server_status.php
$sql = "SELECT concat('Com_', variable_name), variable_value
FROM data_dictionary.GLOBAL_STATEMENTS
[...]
// For the percentage column, use Questions - Connections, because
// the number of connections is not an item of the Query types
// but is included in Questions. Then the total of the percentages is 100.
$name = str_replace(array('Com_', '_'), array('', ' '), $name);
Após a comparação, parece que phpMyAdmin está exibindo os valores corretos (ou seja, correspondendo ao que MySQL está relatando).