As atualizações são projetadas para serem compatíveis entre versões secundárias. Os upgrades do Linux são geralmente apenas com as alterações de versão menores. Portanto, se você atualizar uma biblioteca, todos os programas que a utilizam permanecerão compatíveis com essa biblioteca (a API será compatível). O mesmo é para os arquivos de configuração. Quando a atualização está em execução, os arquivos são substituídos. Os arquivos abertos (como a tela) manterão o inode no disco e o aplicativo que foi aberto antes da atualização usará a versão antiga do arquivo. Todas as novas instâncias do programa usarão a nova versão. Quando o aplicativo é fechado, o descritor de arquivo será fechado e o inode será excluído, liberando o espaço em disco.
O que é interessante é que você pode ter as duas versões do mesmo aplicativo em execução ao mesmo tempo. Alguns dos scripts de pós-instalação dos pacotes estão reiniciando os daemons para que a nova instância execute a nova versão do serviço. A razão pela qual temos versões principais para as distribuições e versões principais dos programas é delimitar as incompatibilidades da API / ABI / configuration, etc.